ขาดความรู้เกี่ยวกับองค์ประกอบของแบคทีเรีย

ข้อพิจารณาเหล่านี้รวมถึงรายการอ้างอิงของเชื้อโรคที่เป็นไปได้สำหรับการคัดกรองผู้บริจาคเพื่อไม่รวมผู้บริจาคที่มีความเสี่ยงสูงต่อการได้รับเชื้อโรค นอกจากนี้มีข้อควรพิจารณาสำหรับกระบวนการผลิตและการควบคุมเช่นการใช้ห้องแอนแอโรบิคในการผลิตเพื่อรักษาแบคทีเรียที่มีประโยชน์ซึ่งอาจมีความไวต่อออกซิเจนสูงในเวลานี้หากขาดความรู้เกี่ยวกับองค์ประกอบของแบคทีเรีย

ที่ใช้ในการรักษาโรคโดยเฉพาะการสูญเสียสิ่งมีชีวิตที่ไม่ใช้ออกซิเจนเหล่านี้อาจส่งผลเสียต่อประสิทธิภาพยาหลอกควบคุมการทดลองทางคลินิกของ FMT ในการรักษาโรคโดยเฉพาะมีความสำคัญในการแสดงให้เห็นถึงความปลอดภัยและประสิทธิภาพและเพิ่มความเข้าใจทางวิทยาศาสตร์ของ FMT ขั้นตอนต่อไปคือการทดลองทางคลินิกเพิ่มเติมด้วยผลิตภัณฑ์ที่มีอยู่ในขณะนี้หรือในการพัฒนาเมื่อการทดลองในปัจจุบันเสร็จสมบูรณ์ศักยภาพที่แท้จริงของการบำบัดนี้จะชัดเจน